Le séquençage Sanger peut-il masquer une souche sauvage du vSRRP après vaccination ?

Problème : Lorsqu’une souche vaccinale et une souche sauvage du vSRRP sont présentes dans le même échantillon, une séquence consensus ORF5 pourrait ne pas révéler les deux populations virales.

Méthodes : Les auteurs ont préparé neuf combinaisons de concentrations d’un virus vaccinal vivant modifié de lignée 5 et d’une souche sauvage de lignée 1A, avec trois répétitions par combinaison, puis effectué un séquençage Sanger ORF5.

1. Lorsque la concentration vaccinale était égale ou supérieure à celle de la souche sauvage, une séquence de type vaccinal a été obtenue dans 14 des 15 échantillons correspondants.

2. Une identité de 100 % avec le virus vaccinal a été observée dans 12 de ces 15 échantillons, alors que les mélanges contenant des concentrations semblables des deux virus présentaient davantage d’ambiguïtés et de variabilité de séquence.

3. Ces résultats in vitro indiquent que Sanger identifie principalement la population dominante et peut donc masquer une souche minoritaire; les auteurs recommandent d’envisager des méthodes complémentaires telles que le NGS ou des approches permettant de bloquer les séquences vaccinales lorsque la co-circulation est suspectée.