Deux nouvelles sous-lignées du vSRRP-2 au Canada

Français

La diversité génétique du vSRRP-2 au Canada reste moins documentée que celle des États-Unis. Cette étude phylogénétique a analysé 3 573 séquences ORF5 canadiennes recueillies de 2000 à 2024 dans cinq provinces et les a comparées à de grandes collections de référence.

1. Deux nouvelles sous-lignées ont été proposées. Les auteurs proposent 1K et 1L pour deux clades distincts et persistants, comprenant respectivement 303 et 239 séquences.
2. Les analyses suggèrent des mouvements transfrontaliers dans les deux directions. Les reconstructions attribuent une origine canadienne à 1C, 1H, 1I, 1K et 1L, tandis que 1A, 1B, 1E et 1F sont attribuées aux États-Unis. Il s’agit d’inférences phylogéographiques, pas d’une observation directe de chaque transmission.
3. Une diversité importante échappait aux classifications précédentes. Environ un tiers des séquences canadiennes ne pouvaient initialement être assignées à une sous-lignée reconnue; la majorité formait quatre clades monophylétiques distincts. Les auteurs estiment l’émergence de 1K vers 1995 et de 1L vers 2001.

Limite : les séquences provenaient d’une source diagnostique représentant environ 20 à 30 % de la production porcine nationale et étaient très inégalement réparties entre provinces. Les résultats ne constituent donc pas un échantillonnage probabiliste de tous les élevages canadiens.

English

PRRSV-2 genetic diversity in Canada has been less extensively characterized than in the United States. This phylogenetic study analyzed 3,573 Canadian ORF5 sequences collected from 2000 through 2024 across five provinces and compared them with large reference collections.

1. Two new sub-lineages were proposed. The authors propose 1K and 1L for two distinct and persistent clades containing 303 and 239 sequences, respectively.
2. The analyses suggest cross-border movement in both directions. Reconstructions attributed Canadian origins to 1C, 1H, 1I, 1K, and 1L, whereas 1A, 1B, 1E, and 1F were attributed to the United States. These are phylogeographic inferences, not direct observation of every transmission event.
3. Substantial diversity was not captured by previous classifications. About one third of Canadian sequences could not initially be assigned to a recognized sub-lineage; most formed four distinct monophyletic clades. The authors estimated emergence of 1K around 1995 and 1L around 2001.

Limitation: sequences came from a diagnostic source representing approximately 20 to 30% of Canadian swine production and were highly uneven among provinces. The results are therefore not a probability sample of all Canadian herds.

Citation: Herrera da Silva JP et al. Phylogenetic Lineages of PRRSV-2 from Canada Reveal Patterns of Transboundary Spread and Two Novel Sub-Lineages in North America. Pathogens. 2026;15(4):346. DOI: 10.3390/pathogens15040346.

Original article: https://doi.org/10.3390/pathogens15040346