Comment le PEDV a-t-il évolué dix ans après son arrivée aux États-Unis ?
L’analyse de séquences américaines du PEDV a montré la prédominance des virus non-S-INDEL et deux clades récents, tandis que le faible nombre de séquences contemporaines limitait les conclusions plus fortes.
L’analyse de séquences américaines du PEDV a montré la prédominance des virus non-S-INDEL et deux clades récents, tandis que le faible nombre de séquences contemporaines limitait les conclusions plus fortes.
Problème : Les connaissances génomiques sur le PEDV aux États-Unis provenaient surtout de la phase épidémique suivant son introduction en 2013, laissant l’évolution récente moins bien décrite.
Méthodes : Les auteurs ont analysé 556 séquences de Spike obtenues entre 2013 et 2024 et 313 génomes complets obtenus entre 2013 et 2017, provenant de 21 États.
1. Parmi les séquences Spike, 499 étaient non-S-INDEL et 57 S-INDEL, confirmant la prédominance du groupe non-S-INDEL dans cet ensemble de données.
2. Presque toutes les séquences non-S-INDEL obtenues après 2017 se regroupaient dans deux clades récents géographiquement distincts, alors que plusieurs clades présents pendant la période épidémique n’avaient pas de descendants détectés dans les données contemporaines.
3. Comme relativement peu de séquences récentes étaient disponibles, les auteurs considèrent qu’une surveillance génomique plus systématique est nécessaire avant de conclure que les anciens clades ont réellement disparu ou pour quantifier précisément les échanges entre régions.
Publication originale
Herrera da Silva JP et al. Current Evolutionary Dynamics of Porcine Epidemic Diarrhea Virus (PEDV) in the U.S. a Decade After Introduction. Viruses. 2025;17:654.